Imagej Pilha De Media Movel




Imagej Pilha De Média MóvelO que faz o comando de subtracao de fundo faz Remove os fundos continuos suaves dos geis e outras imagens. Baseado no algoritmo de bola de rolamento descrito no artigo de Stanley Sternberg039s, Biomedical Image Processing, IEEE Computer, janeiro de 1983. Imagine uma superficie 3D com os valores de pixel da imagem sendo a altura, entao uma bola rolando sobre o lado de tras da superficie cria o fundo. O algoritmo atual (desde a versao 1.39f) usa uma aproximacao de um paraboloide de rotacao em vez de uma bola. O Raio da Bola Rolante e o raio de curvatura do paraboloide. Como regra geral, para imagens de 8 bits ou RGB deve ser pelo menos tao grande quanto o raio do maior objeto na imagem que nao faz parte do plano de fundo. Valores maiores tambem funcionarao, a menos que o plano de fundo da imagem seja muito irregular. Para imagens com valores de pixel com um intervalo muito diferente, observe que o raio deve ser inversamente proporcional ao intervalo de valores de pixels. Por exemplo. Valores tipicos do raio estao em torno de 0,2 a 5 para imagens de 16 bits (valores de pixel 065535). A opcao Luz de fundo permite o processamento de imagens com fundo brilhante e objetos escuros. Com a opcao Criar plano de fundo, a saida nao e a imagem com o fundo subtraido, mas sim o proprio plano de fundo. Esta opcao e util para examinar o plano de fundo criado (em conjunto com a opcao Visualizar). Criar plano de fundo tambem pode ser usado para algoritmos de subtracao de fundo personalizado onde a imagem e duplicada e filtrada (por exemplo, removendo buracos no plano de fundo) antes de criar o plano de fundo e, finalmente, subtraindo-o com o Processo gt Image Calculator. Para calcular o fundo (rolando a bola), as imagens sao normalmente suavizadas para reduzir o ruido (media de 3 x 3 pixels). Com Desativar Suavizacao. Os dados de imagem nao modificados sao utilizados para criar o plano de fundo. Marque esta opcao para se certificar de que os dados da imagem apos a subtracao nunca estarao abaixo do plano de fundo. Gui / process / subtractbackground. txt middot Ultima modificacao: 2010/01/26 11:07 (edicao externa) Funcoes Z Uma serie z geralmente e dificil de representar como uma imagem 2-D para fins de publicacao. Uma montagem permitira que o conjunto de dados 3-D seja visualizado em 2-D, mas resulta em cada quadro sendo muito pequeno. Existem varias maneiras de nivelar a pilha 3D. Intensidade Maxima Z-projecao Z Project e um metodo de analise de uma pilha, aplicando diferentes metodos de projecao para os pixels dentro da pilha. Esse processo pode ser usado para realcar dados especificos da pilha e e acessado usando o Image / Stacks / Z Project Quando o Z Project e aberto, ele solicita uma fatia de inicio e parada, que determinara o intervalo da pilha que sera incluido no arquivo Z. O padrao para esses valores sao as fatias de ponto final da pilha. Existem seis tipos de projecao diferentes para escolher: intensidade media, intensidade maxima, intensidade minima, fatias de soma, desvio padrao e mediana. O tipo de projecao apropriado variara dependendo do tipo de dados que estao sendo representados. Como se observa abaixo, aplicando uma transformada z a uma pilha de MRI usando diferentes metodos de projecao, os resultados podem ser muito diferentes. No caso da pilha de MRI, a intensidade maxima e um metodo preferivel para visualizar a renderizacao da cabeca externa, enquanto outros metodos de projecao podem ser usados ??para examinar os componentes internos do cerebro. Estes metodos remanescentes tambem tem suas caracteristicas distintivas, como visto pela projecao mediana que da a renderizacao mais clara com o trade-off de menos de filtrar mais da imagem na projecao. Os seis metodos de projecao no sentido horario de cima para a esquerda: intensidade media, intensidade maxima, intensidade minima, mediana, desvio padrao e fatias de soma. Projetor Z Agrupado A ferramenta Projeto Grupado Z (Imagem / Pilhas / Ferramentas / Projeto Z Agrupado.) Funciona de forma semelhante ao Projeto Z em termos de metodos de projecao. Este plugin utiliza o metodo de projecao de intensidade maxima, intensidade media ou soma de fatias para aplicar uma projecao z a uma pilha de imagens. Ao contrario do projeto Z padrao, esse plugin solicita um tamanho de grupo que deve ser um fator do numero total de fatias na pilha. O plugin ira entao aplicar o metodo de projecao selecionado para subgrupos com esse numero de fatias, comecando com a primeira fatia. O resultado da execucao deste plugin e uma nova pilha onde cada fatia e uma projecao de um subconjunto da pilha original. Este e um plugin util para analisar grandes pilhas onde a mudanca de fatia para fatia ainda e relevante, mas nem todas as fatias precisam ser examinadas individualmente. Se o tamanho do grupo for definido como igual ao numero de fatias na pilha, o Projeto Z Agrupado avaliara a pilha da mesma maneira que o Z Project. Grupo Z Projeto aplicado a duas metades de uma pilha, resultando nas duas fatias mostradas. Sobel Filter Based Focusing O Stack Focuser plugin usa um filtro de borda Sobel para calcular o melhor foco. Tente 3 para o valor do kernel na primeira instancia. O resultado e um mapa de altura que mostra as imagens focalizadas. Este plugin so funciona em imagens de 8 ou 16 bits. Pode resultar em uma imagem pixelly. Resultado do plugin Stack Focuser com 3 como o valor do kernel. On-line: Transformadores de Ondlet-Based Based Autores: Daniel Sage, Jesse Berent, Brigitte Forster, Dimitri Van De Ville, Grupo de Imagem Biomedica, Instituto Federal Suico de Tecnologia Lausanne (EPFL), Suica, www. epfl. ch/demo/edf/index. Este e um algoritmo superior, mas mais lento, em comparacao com o foco Sobel-filtro. O plug-in de profundidade de campo expandido usa uma transformada wavelet (uma transformacao mais sofisticada em comparacao com a transformada de Fourier) para calcular o melhor foco. Execute o plug-in e marque Exibir vista 3D. Este plugin ira trabalhar com imagens RGB. Uma descricao mais detalhada do plug-in de extensao de profundidade da extensao wavelet pode ser encontrada no site dos autores. Tambem e gerada uma imagem de topologia. Cite os artigos dos autores abaixo se voce publicar o trabalho usando este plugin. Para mais informacoes ver os seguintes artigos: B. Forster, D. Van De Ville, J. Berent, D. Sage, M. Unser. Ampliacao da profundidade de foco para imagens de microscopia multicanal: uma abordagem complexa Wavelet Procedimentos do Segundo Simposio Internacional IEEE 2004 sobre Imagem Biomedica: De Nano para Macro (ISBI04), Arlington VA, EUA, 15-18 abril de 2004, em pressione. J. Berent, B. Forster, D. Van De Ville, D. Sage, M. Unser, Profundidade de foco ampliada para imagens a cores em microscopia de campo claro Procedimentos do Encontro de Outono da Sociedade Suica de Farmacologia e Toxicologia, 27-28 de outubro de 2003, Basileia, Suica. Um metodo de preservar alguma informacao z em uma imagem 2D e codificar em profundidade a pilha. Uma imagem 3D monocromatica pode ser colorida de modo que a cor represente a profundidade z. Qualquer projecao subsequente retera essa codificacao z. Uma pilha de 8 bits pode ser codificada em profundidade com o comando de menu Image / Hyperstacks / Temporal-Color Code. A partir dai voce sera capaz de escolher um LUT, bem como o inicio e fim fatias da pilha. Outra opcao e usar o plugin Z Code Stack para os resultados mostrados abaixo. Projecoes de Intensidade Maxima de cada: Projeto 3D (Imagem / Pilhas / Projeto 3D) cria uma renderizacao 3D a partir de uma pilha e gira o objeto resultante atraves de um intervalo de angulos. Ao usar este plugin, voce sera solicitado para uma variedade de especificacoes iniciais. Com base nesses valores, o programa gerara uma pilha que descreve uma rotacao de 360 ??graus da projecao 3D. Existem tres metodos de projecao disponiveis: ponto mais proximo, ponto mais brilhante e valor medio. O prompt visto ao executar o projeto 3D. O plugin de projeto 3D solicitara o intervalo de corte entre fatias. Dependendo das propriedades da imagem, isso pode se referir a uma determinada medicao entre fatias, como milimetros, ou sera padrao para o numero de pixels se um sistema de medicao nao e especificado. Com base na selecao do intervalo de corte, voce pode influenciar a forma geral do processamento 3D esticando ou comprimindo a imagem na direcao z. A seleccao do angulo inicial corresponde a orientacao de partida do volume enquanto a rotacao total determina quais as vistas do volume sao renderizadas, bem como o numero de fatias na pilha final. Tambem o impacto do numero de fatias incluidas e o incremento do angulo de rotacao, que determina o quanto o volume e rodado entre duas fatias consecutivas. A ferramenta de interpolacao e relevante para imagens onde o espacamento entre fatias e maior que 1,0 pixels. Neste caso, a interpolacao usa z-scaling para eliminar as lacunas para a renderizacao 3D final. Se o espacamento da fatia for menor que 1.0 pixels, a opcao sera ignorada. Opacidade, transparencia e sugestoes de profundidade tambem podem ser especificadas. A esquerda, uma imagem com sugestoes de profundidade de superficie em 100 e sugestoes de profundidade interior em 50. A imagem a direita tem sugestoes de profundidade de superficie em 100 e sugestoes de profundidade interior em 50. Experimente estas configuracoes iniciais: Metodo de Projecao: Use o metodo de ponto mais brilhante. Slice Spacing: Isso determina a relacao de aspecto da pilha. As pilhas Biorad sao internamente calibradas e este valor deve estar correto a menos que voce defina o objetivo errado no software Biorad durante a aquisicao. Interpolar: Usado quando o espacamento de corte gt 0. Marque essa opcao, embora isso diminua o renderizador. Para um conjunto de dados grande, pode valer a pena ter isso fora inicialmente enquanto voce esta selecionando as configuracoes. O Volume Viewer (no menu plugins) fornece renderizacao 3D de uma pilha, bem como fatias dos planos XY, YZ e XZ. O Volume Viewer tambem oferece metodos de interpolacao e visualizacao mais detalhados do que algumas das outras tecnicas de renderizacao 3D. Os diferentes modos de exibicao contem muitas opcoes com as quais voce pode visualizar a renderizacao: Slice, Slice amp Borders, Projecao maxima, Projecao e Volume. Modos de exibicao da esquerda para a direita: fatia, bordas amp amp, projecao maxima, projecao, volume. Para todos os modos de exibicao, a posicao pode ser atualizada manualmente segurando a tecla Shift e movendo a imagem exibida com o mouse. A orientacao tambem pode ser atualizada ajustando os valores de rotacao na parte inferior do Volume Viewer: esses valores representam o grau de rotacao ao longo de cada eixo e podem ser alterados para fornecer uma orientacao mais concisa. Ao usar o mouse para girar o objeto, esses valores sao atualizados automaticamente. Os planos XY, YZ ou XZ tambem podem ser vistos a qualquer momento usando os botoes na parte inferior do visualizador. Alem dos modos de exibicao, a imagem tambem pode ser analisada de maneiras diferentes atraves da selecao de um metodo de interpolacao. Estes sao de especial importancia para os modos Slice, Slice amp Borders e Volume. Os metodos disponiveis sao Vizinho mais proximo, Trilinear, Tricubic Smooth, e Tricubic Sharp. Metodos de interpolacao no sentido horario de cima a esquerda: vizinho mais proximo, trilinear, tricubico afiado, tricubico liso. O z-Aspect pode ser usado para alongar ou comprimir dados ao longo do eixo Z enquanto as dimensoes dos eixos X e Y permanecem inalteradas. O valor de amostragem pode ser usado para controlar quantas amostras sao utilizadas para misturar os valores de renderings. Tipicamente, maiores valores de amostragem resultarao em melhores resultados de qualidade, embora a compensacao seja um tempo de processamento ligeiramente mais lento. Esse plugin e encontrado na pasta de plugins. O Visualizador 3D usa uma pilha de imagens para visualiza-lo no espaco 3D como um volume, uma superficie ou orthoslices. Quando o plugin e executado, voce tera a opcao de escolher um nome para a nova imagem, bem como o metodo de exibicao: volume, orthoslice, superficie, superficie enredo 2D ou multiorthoslices. A cor, o limiar, o fator de amostragem, os canais eo ponto de tempo de inicio tambem podem ser selecionados. O ponto de tempo de inicio e usado ao inserir a renderizacao em um filme: a renderizacao estara presente a partir do ponto de tempo especificado. Neste ponto de tempo, a modificacao da imagem e possivel dentro do visualizador. Muitas dessas variaveis ??podem ser atualizadas no visualizador uma vez que o processamento e gerado. A janela visualizada quando o Visualizador 3D e aberto. Para usar o Visualizador 3D, uma imagem de 8 bits ou RGB e necessaria. Se usado em outro tipo de pilha, o plugin tera um prompt para voce escolher para converter para esses tipos. O modo de exibicao atual pode ser alterado clicando em Editar / Exibir como. Isso permitira que voce escolha entre Volume, Orthoslice, Multi-orthoslice, Surface e Surface Plot 2D. Ao usar o modo Orthoslice, voce pode clicar com o botao direito no visualizador e selecionar Adjust Slices para atualizar o posicionamento das coordenadas x, ye z. Voce tambem pode pressionar as teclas X. Y. ou Z em combinacao com as teclas de seta para mover as fatias. Exemplo do tipo de volume visto no visualizador 3D. O menu Editar fornece mais algumas opcoes para alterar a cor ea transparencia da renderizacao. Editar / Alterar Cor pode ser usado para editar a cor da renderizacao, incluindo uma opcao para aplicar a todos os pontos de tempo. Editar / Alterar Transparencia pode ser usada para uma maneira simples de editar a transparencia para todos os tipos de telas. Editar / Alterar Canais fornece a opcao para selecionar ou desmarcar qualquer combinacao dos canais vermelho, verde e azul. Editar / Ajustar Limiar pode ser usado tanto para o Volume quanto para as opcoes de visualizacao da Superficie. Edit / Transformation / Set Transform pode dar mais controle sobre a colocacao da renderizacao, especificando a origem da rotacao e o eixo de rotacao. Voce tambem pode usar a matriz 3x4 em Set Transform para especificar os eixos x, y e z do sistema de coordenadas transformado nas tres primeiras colunas e o vetor da origem antiga para a nova origem na quarta coluna. Outros Metodos de Renderizacao de Volume Metodos de reconstrucao em 3D onde o objeto aparecera semitransparente incluem 360 3D-projeto e Rocking 3D-projeto. 360 3D-projeto produz uma pilha com uma rotacao 360 da z-transform. Os resultados serao semelhantes aos gerados com o plug-in Projector do Grouped Z. Se voce quiser que a pilha balance apenas para a frente e para tras, use a macro Rocking 3D-project. VolumeJ e um metodo de reconstrucao 3D onde a superficie do objeto aparecera opaca, dando uma aparencia mais solida para o objeto. NB: A opcao de renderizacao interativa do VolumeJs nao esta funcionando. Outros modos devem funcionar. Selecione a pilha de volume a ser processada. Selecione o classificador (ou seja, algoritmo de renderizacao). Escolha Gradiente nenhum indice para pilhas de tons de cinza escolha Indice rampa para pilhas RGB. Defina o limite do classificador como a intensidade da superficie do objeto. Isso pode ser determinado usando o comando Image / Adjust / Threshold. Defina o desvio do classificador. Valores baixos tendem a resultar em bordas mais nitidas, enquanto valores mais altos podem ser desfocados. Um bom compromisso e 1-2. Defina o angulo de rotacao (tente -20 na primeira caixa para girar o volume um pouco para tras). Verifique se a relacao de aspecto esta correta: VolumeJ deve pegar a calibracao espacial da pilha se ela estiver presente. Defina a escala como 0,5 para renderizacoes preliminares mais rapidas. Defina-o como 1 ou 2 para a renderizacao final. Clique no botao Render para iniciar a renderizacao. Clique em Parar renderizador se voce cometeu um erro. Isso gera uma vista lateral de uma pilha ao longo de uma linha definida pelo usuario. Selecione parte de uma pilha para ser seccionada axialmente usando a ferramenta ROI de linha da barra de ferramentas. Selecione o item de menu Imagem / Pilhas / Reslice depois de desenhar uma linha reta ou retangulo em uma pilha aberta. Stack resliced ??ao longo de um eixo vertical. A partir deste ponto, voce pode gerar uma nova pilha, reconstruindo as fatias ao longo da selecao. Se voce desenhou uma linha, a nova pilha sera a partir do angulo desta nova linha, como se cortar a pilha. Voce tambem sera capaz de especificar o numero de fatias para incluir na pilha eo espacamento entre as fatias. Como voce estara especificando ambos os valores, cabe a voce determinar quantas fatias sao necessarias para representar a regiao de interesse em um subpiloto. Se voce desenhou um retangulo sobre a pilha inicial, voce nao sera capaz de especificar o numero de fatias, embora voce ainda pode controlar o espacamento. O aplicativo criara uma nova pilha que descreve a regiao de interesse escolhida com o retangulo. O plugin Dynamic Reslice e usado da mesma forma que Image / Stacks / Reslice. Esse plugin atualizara dinamicamente a fatia gerada a medida que o ROI for alterado na imagem original. Um metodo simples para visualizar renderizacoes 3D e atraves de vistas ortogonais, acessadas atraves de imagens / pilhas / vistas ortogonais. Este metodo pode ser usado com uma pilha para exibir os planos XZ e YZ em um determinado ponto na imagem 3D. Quando as vistas ortogonais sao abertas, as janelas que contem os dois planos encaixarao ao lado da pilha original, com a intersecao das linhas amarelas na pilha que indicam o ponto na pilha que esta sendo analisada. As vistas nos planos XZ e YZ serao atualizadas automaticamente, ja que a pilha e definida para uma fatia diferente ou as linhas sao ajustadas manualmente em qualquer uma das tres janelas. Exemplo de imagem vista com vistas ortogonais. Stack Slicer Este plugin e uma alternativa a opcao de visualizacoes ortogonais. Depois de fazer uma selecao de pontos na pilha original, voce pode executar o plugin para gerar imagens dos planos XZ e YZ que cruzam com este ponto. Ao selecionar a opcao girar YZ, a imagem do plano YZ girara 90 graus no sentido anti-horario. Ao executar o plugin, e possivel ajustar a relacao de aspecto dos tres eixos. A pilha e inicialmente assumida para conter voxels cubicos, ou, uma relacao 1: 1: 1. Esses numeros podem ser modificados para alterar as dimensoes das imagens do plano XZ e YZ. O intervalo entre os planos Z tambem pode ser actualizado a partir do seu valor inicial de 1 pixel. Pares Stereo e Anaglyphs Para criar um anaglyph de duas imagens, voce pode usar o plugin Anaglyph Two Shot. Este plugin pode ser usado com duas imagens RGB Color das mesmas dimensoes para fazer uma imagem estereo. Anaglifos renderizados em volume Este plugin pode usar sua pilha para criar um par estereo lado a lado, um anaglifo vermelho-ciano, um anaglifo vermelho-verde ou um filme de rotacao baseado nas especificacoes do usuario. O plugin permite que voce especifique qual das projecoes de par estereo que deseja, bem como o angulo de rotacao entre os pares. Valores tipicos sao 6-9. Anaglyph Vermelho-verde a esquerda, anaglyph vermelho-ciano na direita. Anaglyphs Surface-rendered Superficie pares estereo para uma pilha sao simplesmente feitos com botao de par estereo de VolumeJs. Isto gera um par estereo com uma diferenca de 5. Essas duas imagens podem ser mescladas para formar um anaglyph usando o comando de menu Image / Color / Merge ou o plugin Color merge. O olho esquerdo precisa ser vermelho o olho direito verde ou ciano. A superficie processada anaglyph filmes podem ser construidos usando VolumeJ seguindo uma abordagem de Harvey Karten e Joel Sheffield. Surface render sua z-series com um incremento de quadro Cine de 6-9. Duplique a superficie processada filme. Exclua a fatia superior do filme original. Exclua a ultima fatia do filme duplicado. Mesclar as pilhas usando o comando de menu Imagem / Cor / RGB mesclar. Atribua a pilha duplicada como vermelho ea pilha original como verde. Para anaglifos Vermelho-Verde, definir azul para ser nenhum. Para anaglyphs do vermelho-ciano, ajuste o canal azul para ser o mesmo que o verde. Parte 6Determine a velocidade e o tamanho da tempestade usando o ImageJ Etapa 1 Download a pilha de ImageJ para o furacao Ivan Use uma combinacao de Control-Clique (Mac) ) No link Ivan Stack abaixo para salvar o arquivo em seu computador. Armazene-o em um local conveniente, como sua pasta de downloads ou seu desktop. Esta lima e uma pilha preparada do furacao Ivan que move-se atraves do golfo de Mexico e que faz a terra na baia movel (setembro, 2004). Neste exemplo voce estara computando a velocidade de um furacao. Este olho de furacao e claramente visivel e, portanto, facil de rastrear. Uma vez que voce esteja familiarizado com os procedimentos introduzidos nesta Parte, voce pode aplica-los a qualquer formacao de tempestade ou nuvem que voce pode seguir claramente em uma animacao. Etapa 2 Abra o furacao Ivan Stack em ImageJ Retornar para ImageJ, escolha Arquivo gt Open. Navegue ate onde voce armazenou o arquivo ivanstack. v2.tif. E abri-lo. Use a barra de controle de animacao para animar a pilha de 7 slices ou use as teclas maiores do que (gt) e menos de (lt) no teclado para mover a pilha um quadro de cada vez. Outra maneira de animar a pilha e usar a Imagem gt Stacks gt Tools gt Iniciar animacao. Nota: Imagem gt Empilha gt Ferramentas gt Parar Animacao. Para a animacao. Etapa 3 Definir a escala para a pilha Use a ferramenta Selecoes de linha reta na barra de ferramentas ImageJ para desenhar uma linha ao longo de uma distancia conhecida na imagem. Neste exemplo, use a largura leste-oeste do estado do Novo Mexico, que e uma distancia de 552 km. Na opcao Analisar na barra de menus ImageJ, selecione Definir Escala. Na janela que se abre, escreva 552 para Distancia conhecida e km para Unidade de comprimento. Em seguida, clique em OK. Selecione a ferramenta Selecoes de linha reta na barra de ferramentas ImageJ. Desenhe uma linha em toda a dimensao leste-oeste do Novo Mexico. Uma vez que esta linha sera usada para estabelecer a escala em ImageJ, seja o mais preciso possivel no inicio e termino da linha nas bordas do estado. Na barra de menu ImageJ, abra o menu Analisar e selecione Definir Escala. Na janela que se abre, escreva 552 para Distancia conhecida e km para Unidade de comprimento. Em seguida, clique em OK. Etapa 4 Use ImageJ para criar uma linha de trilha Storm Certifique-se de que a barra de animacao esta posicionada na borda esquerda da pilha para que a primeira fatia esteja sendo exibida. Clique com o botao direito do mouse (PC) ou clique com controle (Mac) na ferramenta Linha na barra de ferramentas ImageJ e selecione a opcao Linhas segmentadas. Posicione o cursor sobre o olho do furacao, e faca um unico clique para estabelecer o inicio da linha segmentada. Avance a pilha para cortar 2 usando o maior do que a chave (gt) em seu teclado e faca um unico clique no olho recentemente posicionado do furacao para avancar a linha segmentada. Continue avancando para a proxima fatia usando a chave maior que e fazendo um unico clique no olho do furacao, ate chegar a fatia 7, onde voce precisa fazer um duplo clique no olho do furacao para terminar a linha segmentada . Quando a linha segmentada estiver concluida, evite clicar em qualquer lugar na imagem porque, ao faze-lo, apagara a linha de faixa que voce acabou de criar. Quando voce terminar, sua trilha deve se parecer com a da direita. Deslize a barra de animacao para frente e para tras para ver o olho do furacao se mover ao longo da linha de trilha. Nota: Se cada imagem GOES disponivel (tipicamente 30 minutos de intervalo) tivesse sido inserida na pilha do furacao Ivan, a animacao teria 96 fatias para mostrar o intervalo de tempo de 48 horas. As 7 fatias que foram usadas aqui permitiram que voce detecte o movimento e para medir distancias. Voce pode querer experimentar um pouco para descobrir o intervalo de tempo que faz uma animacao eficaz, sem exigir um numero enorme de fatias. Importante: Observe o carimbo de data / hora, no horario Zulu, no canto superior esquerdo de cada fatia da pilha. A maioria das fatias sao 6 horas de intervalo, com dois saltos de 12 horas quando as imagens nao estavam disponiveis. Etapa 5 Medir a Distancia e Calcular a Velocidade Media do Hurricane039 Selecionar Analisar gt Medir. Na janela que se abre, voce vera o comprimento de qualquer linha reta ou segmentada que foi desenhada na imagem. Lembre-se de que voce define as unidades de medida em quilometros. O comprimento da fuga de tempestade de 48 horas do furacao Ivan, como aparece nesta animacao, e aproximadamente 1044 quilometros. Na janela que se abre, voce pode ver o comprimento de qualquer linha reta ou segmentada que esta na imagem. Lembre-se de que voce define as unidades em quilometros. O comprimento da fuga de tempestade de 48 horas do furacao Ivan, como aparece nesta animacao, e aproximadamente 1044 quilometros. Considere as seguintes perguntas: Qual e a formula que voce precisa para calcular a velocidade media do furacao Ivan039s durante as 48 horas representadas nesta animacao? Calcule a velocidade media do Ivan039 durante todo o percurso desta animacao. Medir o diametro do furacao Ivan na fatia 6 da animacao, pouco antes de chegar a terra. A velocidade media do movimento para frente do furacao durante este tempo pode ser determinada pela formula: Velocidade media. Distancia / Tempo. Neste exemplo, Velocidade avg. 1044 km / 48 horas 21,75 km / h (13,5 mph). Depois de ter estabelecido escala para a imagem, voce pode usar uma abordagem semelhante para medir o diametro de um furacao, ou a extensao de qualquer sistema de tempestade. Usando a opcao de linha reta na barra de ferramentas ImageJ e o comando Analyze gt Measure, o corpo circular denso do furacao Ivan mede mais de 730 km, mais largo do que o estado do Novo Mexico. Intensidade de processamento O brilho e a percepcao visual da luz refletida. O brilho aumentado refere-se a uma luminancia aumentada de imagens. Contraste e a separacao das partes mais claras e mais escuras de uma imagem. Um aumento no contraste escurecera sombras e iluminara destaques. O contraste crescente e geralmente usado para tornar os objetos em uma imagem mais distinguiveis. Ajuste o brilho eo contraste com a opcao Ajustar Brilho / Contraste. Para tornar a visualizacao da imagem mais facil. Pressione o botao Auto para aplicar um estiramento de contraste inteligente ao visor da imagem. O brilho eo contraste sao ajustados tendo em conta o histograma das imagens. Se pressionado repetidamente, o botao aumenta a porcentagem de pixels saturados. O botao Reset faz com que o maximo 0 e o minimo 255 em imagens de 8 bits eo maximo e minimo igual aos valores de pixel menores e maiores no histograma de imagens para imagens de 16 bits. Se o botao Auto nao produzir um resultado desejavel, use a ferramenta de regiao de interesse (ROI) para selecionar parte da celula e algum plano de fundo e, em seguida, pressione o botao Auto novamente. O alongamento sera entao baseado nas intensidades do ROI. Pressionar o botao Aplicar altera permanentemente os valores de cinza reais da imagem. Se apenas analisar a intensidade da imagem, nao pressione este botao. Se voce preferir que a imagem seja exibida como preto no branco em vez de branco no preto, use o comando invertido: Tabelas de pesquisa de imagem Inverter LUT. O comando Editar inverter inverte os valores de pixels em si permanentemente. Obtencao de valores de intensidade a partir de ROI unico Se estiver trabalhando com uma pilha, o ROI selecionado pode ser analisado com o comando: Image Stacks Plot Z Axis Profile. Isso gera uma unica coluna de numeros - uma intensidade de fatia por linha. As 6 linhas superiores da coluna sao detalhes do ROI. Isso garante que o mesmo ROI nao e analisado duas vezes e permite salvar ROIs interessantes. Os detalhes sao compostos de area, coordenada x, coordenada y, AR, arredondamento e solidez do ROI. Se o ROI e um ROI polylinegtfreehand ao inves de um squaregtoval, ele age como se o ROI e um ovalgtsquare. O ROI (oval) pode ser restaurado inserindo os detalhes solicitados pelo comando Edit Selection Restore Selection (hotkey: Ctrl Shift E). Os resultados sao exibidos em uma janela de plotagem com os detalhes do ROI no titulo da janela de plotagem. O grafico contem os botoes Lista, Salvar, Copiar. O botao Copiar coloca os dados na area de transferencia para que ele possa ser colado em uma folha do Excel. As configuracoes para o botao de copia podem ser encontradas em Editar opcoes de perfil de perfil de opcoes. As configuracoes recomendadas incluem: Nao salve valores x (impede que os dados do numero de fatia sejam colados no Excel) e Autoclose para que voce nao tenha que fechar o grafico analisado de cada vez. Intensidade dinamica versus analise de tempo O plugin Plot Z Axis Profile (este e o Z Profiler de Kevin (Gali) Baler (gliblr no yahoo) e Wayne Rasband simplesmente renomeado) monitorara a intensidade de um ROI em movimento usando uma ferramenta de rastreamento de particulas. Essa ferramenta pode ser manual ou automatica. Use o comando Image Stacks Plot Z Axis Profile. Obtendo valores de intensidade de varios ROIs Voce pode analisar varios ROIs de uma so vez com o plugin Bob Doughertys Multi Measure. A funcao de gerenciador de ROI nativo faz um trabalho semelhante, exceto que nao gera os resultados em colunas classificadas. Verifique o site Bobs para obter atualizacoes. O plug-in Multi Measure que vem com a instalacao e v3.2. Abra a serie confocal e remova o plano de fundo (Consulte Correcao de fundo) Gere uma pilha de referencia para a adicao de ROIs. Use a funcao Image Stacks Z-project e selecione Average. Renomear esta imagem algo memoravel. Abra o plug-in do Gerenciador de ROI (Ferramentas de analise do Gerenciador de Roi ou icone da barra de ferramentas). Selecione ROIs e Adicionar ao gerenciador de ROI. Clique no botao Mostrar tudo para evitar a analise da mesma celula duas vezes. Apos selecionar os ROIs a serem analisados ??na imagem de referencia, voce pode desenha-los para a imagem de referencia clicando no botao Moregtgt e selecionando Draw. Salve a imagem de referencia para a pasta de dados de experimentos e clique na pilha a ser analisada. Clique no botao Moregtgt no gerenciador de ROI e selecione o botao Multi Measure para medir todos os ROIs. Clique em OK. Isso colocara os valores de cada fatia em uma unica linha com varias colunas por fatia. Clicando em Medir todos os 50 slices ira colocar todos os valores de todas as fatias e cada ROI em uma unica coluna. Va para a janela Resultados e selecione o item de menu Editar Selecionar tudo. . Em seguida, Editar / Copiar. Va para o Excel e cole os dados. Verifique se tudo foi colado corretamente 10. Para copiar as coordenadas ROI para a planilha do Excel, e necessario que haja uma linha vazia acima dos dados de intensidade. Use a caixa de dialogo Medida multipla e clique no botao Copiar lista. 14. No Excel, clique na celula vazia acima da primeira coluna de dados e cole nas coordenadas ROI. Salve os ROIs com o botao Multi Measure Salvar. Coloque-os na pasta de dados experimentais. Os ROIs podem ser abertos mais tarde individualmente com o botao Open ou todos de uma vez com o botao Open All. Os ROIs oval e retangular podem ser restaurados individualmente a partir dos valores x, y, l, h com o ROI de Plugins Especificar ROI. comando. Ratiometric imagens compara as gravacoes de dois sinais diferentes para ver se ha alguma semelhanca entre eles. Ele e feito dividindo um canal por outro canal para produzir um terceiro canal ratiometrico. Esta tecnica e util porque corrige o vazamento de corante, o carregamento de corante desigual eo foto-branqueamento. Um exemplo de aplicacao seria a medicao do ion intracelular, pH e dinamica de tensao em tempo real. A subtracao de fundo e necessaria antes da analise das imagens de relacao de canal duplo. Veja tambem a secao de correcao de fundo. O plug-in RatioProfiler ira executar a analise ratiometrica de um ROI unico em uma pilha intercalada de canal duplo. As fatias impares sao imagens do canal 1 e as fatias pares sao imagens do canal 2. Se seus dois canais sao abertos como pilhas separadas, como Zeiss, os dois canais podem ser entrelacados (misturados entre si alternando entre eles) com o comando de menu Plugins Stacks - Shuffling Stack Interleaver. O plugin ira gerar um grafico verde dos valores de razao. Ch1Ch2 e o padrao e voce pode obter Ch2Ch1 se o plugin e executado com a tecla Alt para baixo. Tambem gerara um segundo grafico das intensidades dos canais individuais, Ch1 e Ch2, bem como uma tabela de resultados. A primeira linha da tabela de resultados contem valores para x, y, largura e altura do ROI. A partir da segunda linha para baixo, a primeira coluna e o tempo (numero da fatia), a segunda coluna e a intensidade media Ch1 eo terceiro canal e a intensidade media de Ch2 e o valor da razao. The stack must have its frame interval calibrated in order for the Time value to be in seconds. Otherwise, it is Slices. The frame interval can be set for the stack via the menu command Image Properties . This table can be copied to the clipboard and pasted elsewhere with the Edit Copy All menu command. Ratio Analysis Using ROI manager 1.Subtract the background from the image. 2. Open ROI manager ( Analyze Tools ROI manager. ) and click the Show All button. 3. Select the cells to be analyzed and add them to the ROI manager (Add button or keyboard T key). 4. Run the plugin. The results window contains the mean of ch1 and ch2 and their ratio. Each row is a timepoint (slice). The first row contains the ROI details. To generate a reference image: Flatten the stack with the menu command ( Image Stacks Z-project with Projection type: Maximum), Adjust the brightness and contrast if necessary. Select the new image and click the More button in the ROI manager. After that select Label. Obtaining timestamp data Zeiss LSM The LSM Toolbox is a project aiming at the integration of common useful functions around the Zeiss LSM file format, that should enhance usability of confocal LSM files kept in their native format, thus preserving all available metadata. In Fiji, corresponding commands are: File Import Show LSMToolbox which displays the toolbox, from which all commands can be called and Help About Plugins LSMToolbox. which displays information about the plugin. Biorad This reading can be found by using the menu command Image Show Info. . Scroll down to get the time each slice was acquired. Select this time, copy it into Excel, and find the time number obtained by using the Excel menu command Edit Replace . This will leave only the time data. The elapsed time can then be calculated by subtracting row 1 from all subsequent rows. Linescanning involves acquiring a single line, one pixel in width, from a common confocal microscope instead of a standard 2D image. This is usually a faster way to take an image. All the single pixel-wide images are then stacked to recreate the 2D image. A pseudo-linescan generation of a 3-D ( x, y, t ) image. It is useful for displaying 3-D data in 2 dimensions. A line of interest is drawn followed by the command: Image Stacks Reslice or with the keyboard button /. It will ask you for the line width that you wish to be averaged. It will generate a pseudo-linescan stack with each slice representing the pseudo-linescan of a single-pixel wide line along the line of interest. Average the pseudo-linescan stack by selecting Image Stacks Z-Project. and use the Average command. A poly-line can be utilized, but this will only generate a single pixel slice. Fijis default settings assume that stacks are z - series rather than t - series. This means that many functions related to the third-dimension of an image stack are referred to with a z - . Just keep this in mind. FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) Analysis The FRAP profiler plugin will analyze the intensity of a bleached ROI over time and normalize it against the intensity of the whole cell. After that it will find the minimum intensity in the bleached ROI and fit the recovery with this point in mind. Open the ROI manager. Draw around the bleached ROI and add it to the ROI manager. Draw around the whole cell and add that to the ROI manager. The normalization corrects for the bleaching that occurs during image acquisition and assumes the whole cell is in the field of view. The plugin assumes the larger of the two ROIs in the ROI manager is the whole cell ROI and that the smaller ROI is the bleached part. Run the FRAP profiler plugin. The plugin will return the intensity vs time plot, the normalized intensity vs time plot of the bleached area, and the curve fit. Non-linear contrast stretching Equalization You can have more control over brightness and contrast adjustments with the Process Enhance contrast menu command. With a stack, it analyzes the each slices histogram to make the adjustment. The Equalize contrast command applies a non-linear stretch of the histogram based on the square root of its intensity. Gamma Gamma performs a non-linear histogram adjustment. Faint objects become more intense while bright objects do not (gamma lt1). Also, medium-intensity objects become fainter while bright objects do not (gamma gt 1). The intensity of each pixel is raised to the power of the gamma value and then scaled to 8-bits or the min and max of 16-bit images. For 8 bit images New intensity 255 (old intensity255) gamma Gamma can be adjusted via the Process Math Gamma command. It will allow you to adjust the gamma with the scroll bar. Click on Ok when you are finished. You can use the Scroll-bar to determine the desired gamma value on one slice of your stack. There is also an option to preview the results. See the online reference for an explanation of digital filters and how they work. Filters can be found using the menu command Process Filters. . Mean filter . the pixel is replaced with the average of itself and its neighbors within the specified radius. The menu item Process Smooth is a 33 mean filter. Gaussian filter . This is similar to a smoothing filter but instead replaces the pixel value with a value proportional to a normal distribution of its neighbors. Median filter . The pixel value is replaced with the median of itself and its adjacent neighbors. This removes noise and preserves boundaries better than simple average filtering. The menu item Process Noise Despeckle is a 33 median filter. Convolve filter: This allows two arrays of numbers to be multiplied together. The arrays can be different sizes but must be of the same dimension. In image analysis this process is generally used to produce an output image where the pixel values are linear combinations of certain input values. Minimum: This filter, also known as an erosion filter, is a morphological filter that considers the neighborhood around each pixel and, from this list of neighbors, determines the minimum value. Each pixel in the image is then replaced with the resulting value generated by each neighborhood. Maximum: This filter, also known as a dilation filter, is a morphological filter that considers the neighborhood around each pixel and, from this list of neighbors, determines the maximum value. Each pixel in the image is then replaced with the resulting value generated by each neighborhood. Kalman filter . This filter, also known as the Linear Quadratic Estimation, recursively operates on noisy inputs to compute a statistically optimal estimate of the underlying system state. Background correction can be done in multiple ways. A simple method is to use the Image Lookup Tables HiLo LUT to display zero values as blue and white values (pixel value 255) as red. With a background that is relatively even across the image, remove it with the Brightness/Contrast command by slowly raising the Minimum value until most of the background is displayed blue. Press the Apply button to make a permanent change. Rolling-Ball background correction To fix an uneven background use the menu command Process Subtract background . This will use a rolling ball algorithm on the uneven background. The radius should be set to at least the size of the largest object that is not part of the background. It can also be used to remove background from gels where the background is white. Running the command several times may produce better results. The user can choose whether or not to have a light background, create a background with no subtraction, have a sliding paraboloid, disable smoothing, or preview the results. The default value for the rolling ball radius is 50 pixels. Process Subtract Background. moving average in stack some modification of the two macros should do what you want. //----------------------------------------------- macro quotpaste with blend adjacent slicesquot checkCurrentVersion() original getImageID() selectImage(original) for (i2iltnSlicesi) run(quotSet Slice. quot, quotslicequoti) run(quotSelect Allquot) run(quotCopyquot) run(quotSet Slice. quot, quotslicequot(i-1)) setPasteMode(quotAveragequot) run(quotPastequot) selectImage(original) run(quotSet Slice. quot, quotslicequotnSlices) run(quotDelete Slicequot) run(quotSet Slice. quot, quotslicequot1) run(quotDelete Slicequot) run(quotBrightness/Contrast. quot) //------------------------------------------------------------------ macro Projections of variable width checkCurrentVersion() original getImageID() end nSlices() zdepth 4 projtype quotMax Intensityquot // or Average Intensity or some other type for (i1ilt(end-zdepth)i) stop i zdepth run(quotZ Project. quot, quotstartquotiquot stopquotstopquot projectionquotprojtype) run(quotSelect Allquot) run(quotCopyquot) run(quotClosequot) selectImage(original) run(quotSet Slice. quot, quotslicequoti) run(quotPastequot) At 12:20 PM 07/11/07, you wrote: gtHi, gt gtDoes anyone know how to do moving average in the z direction of a gtstack Now the moving average filter is for the x-y plane. I want to gtdo a moving average for each pixle in the z direction. Can anyone gttell me how to do that with ImageJ Thanks. gt gtDa gt gt gtNeed a brain boost Recharge with a stimulating game. Play gtnow club. live/home. aspxicidclubhotmailtextlink1 Michael Cammer Analytical Imaging Facility Albert Einstein Coll. of Med. URL: www. aecom. yu. edu/aif/ Follow the link and you can find a Plugin called WalkingAverage. class. This should do what you are looking for. Arne Seitz, Scientific Officer Advanced Light Microscopy Facility EMBL Heidelberg 49 6221 387 8467 -----Ursprngliche Nachricht----- Von: ImageJ Interest Group mailto:hidden email Im Auftrag von Da NN Gesendet: Mittwoch, 11. Juli 2007 18:21 An: hidden email Betreff: moving average in stack Does anyone know how to do moving average in the z direction of a stack Now the moving average filter is for the x-y plane. I want to do a moving average for each pixle in the z direction. Can anyone tell me how to do that with ImageJ Thanks. Need a brain boost Recharge with a stimulating game. Play now club. live/home. aspxicidclubhotmailtextlink1